Nach dem Brand der Naundorfer Mühle beantragte Mühlenbesitzer Ernst Hermann Resse im Jahre 1894 bei der Königlichen Straßen- und Wasserbauinspektion in Freiberg den vollständigen Neubau des Mühlengebäudes. Neben dem Gebäude sollten auch das Wasserrad und das gesamte Mühlenwerk neu errichtet werden.
Zum Zeitpunkt der Antragstellung befand sich die Genehmigung für die neue Mühle noch in Bearbeitung. Deshalb konnten die geplanten Änderungen am Mühlenbetrieb noch nicht abschließend geprüft und festgestellt werden.

Beschwerde über die Wehranlage (1903)

Im jahr 1903 erhob der Gutsbesitzer Ernst Schmieder aus Niederbobritzsch Beschwerde gegen die Wehranlage der Resee`schen Mühle in Naundorf. Nach einer örtlichen Untersuchung bestätigte die Königliche Straßen- und Wasserbauinspektion die Berechtigung der Beschwerde.
Dabei wurde festgestellt, dass Mühlenbesitzer Ernst Hermann Reese, dessen Aufenthaltsort inzwischen unbekannt war, im Herbst 1901 bei der Instandsetzung des Wehres ohne behördliche Genehmigung eine etwa 9 bis 10 cm breite Bohle auf dem Wehr befestigtigen ließ. Diese war am rechten Ufer etwa 8 cm, am linken Ufer etwa 15 cm stark. Durch diese bauliche Veränderung trat Wasser auf das Grundstück des Gutsbesitzers Schmieder über.
Da sich das Mühlengrundstück inzwischen im Konkurs befand und von Rechtsanwalt Dittrich aus Freiberg verwaltet wurde, sollte die Konkursverwaltung die unzulässig angebrachte Bohle möglichst zeitnah entfernen lassen.
Die Amtshauptmannschaft Freiberg schloss sich nach der örtlichen Besichtigung dieser Einschätzung an und erklärte die Beschwerde ebenfalls für begründet.

Genehmigung zum Einbau einer Turbine (1903)

Mit Beschluss der Amtshauptmannschaft Freiberg vom 3. August 1903 wurde der Einbau einer Turbine anstelle des bisherigen Wasserrades für die Mühle des Franz Reese in Naundorf genehmigt. Der Beschluss ging am 4. August 1903 ein.
Geplant waren folgende Veränderungen:
- Einbau einer Francis-Zwillings-Turbine anstelle des bisherigen oberschlächtigen Wasserrades einschließlich Vertiefung und Ausmauerung des Turbinenschachtes.
- Regulierung und Vertiefung des Untergrabens bis zur Einmündung in die Bobritzsch.
Am Wehr sowie am Einlauf des Mühlgrabens sollten keine Veränderungen vorgenommen werden. Da der in unmittelbarer Nähe verlaufende Kommunikationsweg höher lag, bestand aus öffentlicher Sicht kein Bedenken gegen das Vorhaben.
Die Genehmigung war jedoch an mehrere Auflagen gebunden. Dazu gehörten insbesondere:
- Die Bauausführung hatte exakt nach den eingereichten Plänen und Beschreibungen zu erfolgen.
- Wehr und Schützen durften nicht verändert werden.
- Der Untergraben war so zu vertiefen, dass seine Sohle an der Einmündung die gleiche Höhe wie die Sohle der Bobritzsch erhielt.
- Die Höhenlage des Rechens war vermessungstechnik festzuhalten und der Amtshauptmannschaft nachzuweisen.
- In das Wehr war eine mindestens 7 cm weite Röhre einzubauen, deren Öffnung auch bei niedrigstem Wasserstand unterhalb des Wasserspiegels lag.
- Zusätzliche Aufsätze auf dem Wehr waren ohne Genehmigung nicht zulässig.
- Die gesamte Wehranlage, die Turbine sowie Ober. und Untergraben waren dauerhaft in ordnungsgemäßem Zusatnd zu halten.
- Im Winter und bei Tauwetter müssen Eisbildungen an Wehr, Schützen und Gräben regelmäßig entfertnt werden, damit Wasser und Eis ungehindert abfließen konnten.
- Abwässer oder sonstige Abfallstoffe durften weder in die Bobritzsch noch in die Mühlgräben eingeleitet werden.
- Die vorgeschriebene Wasserführung im Obergraben war dauerhaft sicherzustellen.
- Zur Sicherung des neben dem Weg verlaufenden Obergrabens war ein 36 Meter langes eisernes Geländer zu errichten und dauerhaft zu unterhalten.
- Für sämtliche aus dem Betrieb oder der Anlage entstehenden Schäden haftet der Antragsteller sowie seine Rechtsnachfolger. Erforderliche Instandsetzungen und Schadensbeseitigungen waren unverzüglich auf eigene Kosten durchzuführen.

Mit dem Einbau der Frencis-Turbine begann die technische Modernisierung der Naundorfer Mühle. Sie markierte den Übergang vom traditionellen Wasserrad zu einer leistungfähigeren Antriebstechnik und trug wesentlich zur wirtschaftlichen Weiterentwicklung des Mühlenbetriebes bei.